"Znamená to tedy, že nelze vyjádřit nesouhlas – a že teprve po 90 dnech se již dodaná komerční zpráva automaticky smaže (stále jako nedoručená)?"
Domnívám se, že "nesouhlas", se vyjádří prostě tím, že adresát odesílateli nepotvrdí převzetí "privátní" datové zprávy (a ano, smaže se jako nedoručená, protože není-li "povtvrzená", je "jen" dodaná, nikoliv doručená). Plyne to z § 18a odst. 2 zákona č. 300/2008 Sb.: "Ustanovení § 17 odst. 3 (tj. "automatické" doručení prvním přihlášením do DS po dodání datové zprávy) a 4 (to je "automatické" doručení fikcí po 10 dnech po dodání v případně nepřihlášení se do DS) se na dokument dodaný podle odstavce 1 nevztahuje. Dokument podle odstavce 1 je doručen okamžikem, kdy jeho převzetí potvrdí odesílateli adresát prostřednictvím své datové schránky; toto potvrzení je bezplatné."
"Vztahuje se na takovéto zprávy pravidlo o mazání po 90 dnech, nebo nevztahuje? V zákoně to (pro „komerční“ zprávy) explicitně řečeno není."
Ano, vztahuje - privátní datové zprávy se mažou 90 dní po dodání (ne doručení, protože dodání je objektivní skutečnost, zatímco k doručení vůbec nemusí dojít - viz výše). Viz též § 6 odst. 1 větu druhou vyhlášky č. 194/2009 Sb.: "Byla-li datová zpráva do datové schránky dodána způsobem podle § 18a zákona o elektronických úkonech a autorizované konverzi dokumentů, doba uložení datové zprávy v datové schránce činí 90 dnů ode dne dodání.".
A máte pravdu, že i v době před 1/7/2010 lze v rámci privátní komunikace datovou schránkou posílat nejen faktury a obdobné žádosti o zaplacení. Adresát to ale - právě proto, že je zákonem povoleno posílat pouze faktury a obdobné žádosti o zaplacení - může považovat za obtěžující sdělení - § 26a odst. 1: "Fyzická osoba se dopustí přestupku tím, že užije datovou schránku k šíření a) nevyžádaných obchodních či jiných obtěžujících sdělení,".