Ano, jsou - dokonce programy distribuované přes app store nesmějí načítat žádný kód, který interpretují jako spustitelný. Mimo jiné i to je pravidlo, podle kterého se nesmí vyrábět samostatné prohlížeče. Jak se to bude řešit do budoucna, samozřejmě nevím, ale předpokládám, že HTML5 se bude snažit bezpečnostní problémy postihnout a ostatně Apple je v jeho vývoji velmi aktivní.
Stran zdrojáků nevím - ale předpokládal bych, že Apple prostě nevidí důvod, proč se Flashem jako nestandardní technologií zabývat, když svou práci staví právě na podpoře standardů.