1) Klávesové zkratky - nezdá se mi, že by plugin "sežral" klávesové zkratky, alespoň v browserech, které používám. Pokud se to stává, je to chyba pluginové architektury daného browseru.
2) Zvětšování písma - samozřejmě. Například při použití Flex Frameworku je to otázkou pár řádků kódu, kdy na tlačítko zavěsíme akci změny CSS stylu aplikovaného na celý program nebo určité komponenty. Vazbu na ovládací prvky webového browseru ale nečekejte, Flash je koncipován jako platforma, může běžet i mimo browser.
3) Do kontextového menu lze programově přidat akce vázající se k danému objektu aplikace. Systémové příkazy (About Flash Player apod.) ale zrušit nelze.