V praxi se jedná většinou o mírné posunutí několika prvků a další více či méně viditelné kosmetické vady. Podle mě si právě asi 60% lidí s IE ničeho nevšimne, z těch 40% tak 30% to neřeší. Zbytku to vadí a část z nich to možná i odradí od kšeftu.
Nefunkčnost může nastat snad jen u složitějších Javascriptových aplikací, já ale používám snad na vše jQuery, který řeší většinu odlišností IE za mě. Pokud je ta složitá část uzavřená pro interní použití, stačí těm ortodoxním uživatelům IE nainstalovat Google Chrome Frame :-)
Ve výsledku to není až takový problém.