Hlavní navigace

V boji s ptačí chřipkou pomáhá gridová infrastruktura EGEE

10. 5. 2006

[Tisková zpráva] V dubnu bylo v rámci spolupráce asijských a evropských laboratoří analyzováno 300 tisíc možných komponent léčiv s možným vlivem na virus ptačí chřipky H5N1, a to s využitím gridové infrastruktury EGEE (Enabling Grids for E-sciencE), na jejíž realizaci se podílejí odborníci sdružení CESNET. Cílem bylo nalézt potenciální sloučeniny, které inhibují aktivity enzymu na povrchu chřipkového viru, tzv. neuramidázy, podtyp N1. Využití gridu k určení nejslibnějších vodítek pro biologické testy pomáhá zrychlit proces vývoje léků proti chřipkovému viru. Pomocí výsledků počítačové analýzy mohou výzkumníci předpovědět, které sloučeniny a chemické fragmenty jsou nejúčinnější při blokaci aktivních neuramidáz v případě mutací, což je zvláště významné v případě chřipkové pandemie.

Proces objevování léku je tak díky projektu EGEE a s ním spojeným výpočetním infrastrukturám na bázi technologie gridů značně urychlen. Při analýze spojení 300 tisíc sloučenin a osmi různých cílových struktur neuramidáz chřipkového viru A bylo v průběhu dubna využíváno dva tisíce počítačů po dobu čtyř týdnů – jde o ekvivalent sta let výpočtů na jediném počítači. Dosud vzniklo více než 60 tisíc výstupních souborů s datovým objemem 600 GB, které byly uloženy v relační databázi. Nyní probíhá identifikace potenciálních léčivých sloučenin vzhledem k viru ptačí chřipky a jejich klasifikace podle vazebných energií spojených modelů. „S pomocí vysokorychlostních výpočetních systémů a schopnosti gridové technologie zpracovat obrovské množství dat lze velmi rychle analyzovat a studovat možné komponenty léčiv prostřednictvím dostupných aplikací pro počítačové modelování,“ říká Ying-Ta Wu, biolog z centra pro genomický výzkum Genomics Research Center of the Academia Sinica. „Farmaceutičtí chemikové tak budou mít více času a budou moci lépe reagovat na okamžité hrozby velkého rozsahu. Navíc můžeme soustředit své biologické laboratorní rozbory na ty složky, které vypadají nejslibněji – na ty, od nichž očekáváme největší vliv.“

„Těmito výsledky grid demonstruje, že jde o mocný a spolehlivý prostředek pro vědce, který v oblasti výzkumu otevírá nové možnosti a vylepšuje stávající metody,“ prohlásila Viviane Redingová, komisařka Evropské unie pro informační společnost a média. „Velmi mě těší, že hlavní gridová infrastruktura v Evropě přispívá k řešení aktuálních a sociálně významných problémů, jako je ptačí chřipka.“

Využitím zkušeností získaných již dříve při zpracování dat v případě malárie byl počítačový proces na bázi gridové technologie implementován za méně než jeden měsíc na třech různých gridových infrastrukturách: lokální AuverGrid (Francie), evropský EGEE a asijský TWGrid (Tchaj-wan). Vzniká tak cesta pro službu virtuální analýzy léčiv ve velkém měřítku. Aplikace hledání léku proti viru ptačí chřipky byla realizována společnými silami následujících institucí: Genomics Research Center, Academia Sinica, Tchaj-wan; Academia Sinica Grid Computing Team, Tchaj-wan; Corpuscular Physics Laboratory of Clermont-Ferrand, Francie; Institute for Biomedical Technologies – Itálie. Spolupráce byla navázána s projektem EGEE, regionálním gridem AuverGrid v Auvergne a gridem TWGrid. Práce probíhaly ve spolupráci se sítí EMBRACE (European Model for Bioinformatics Research and Community Education) Network of Excellence a s projektem BioInfoGrid (Bioinformatics Grid Application for Life Science).

Lupa.cz: Avast, Jirká Král i DVTV, Kdo vyhrál Křišťálovou Lupu?

Avast, Jirká Král i DVTV, Kdo vyhrál Křišťálovou Lupu?

Root.cz: Vypadl Google a rozbilo se toho hodně

Vypadl Google a rozbilo se toho hodně

DigiZone.cz: Milan Kruml: procházka TV historií

Milan Kruml: procházka TV historií

Podnikatel.cz: Přehledná titulka, průvodci, responzivita

Přehledná titulka, průvodci, responzivita

Podnikatel.cz: Babiše přesvědčila 89letá podnikatelka?!

Babiše přesvědčila 89letá podnikatelka?!

Měšec.cz: Vklad na cizí účet je draze zpoplatněn (přehled)

Vklad na cizí účet je draze zpoplatněn (přehled)

DigiZone.cz: Digi CZ výrazně zlevnila balíček HBO

Digi CZ výrazně zlevnila balíček HBO

Podnikatel.cz: 3, 2, 1..EET startuje. Na co nezapomenout?

3, 2, 1..EET startuje. Na co nezapomenout?

Root.cz: 250 Mbit/s po telefonní lince, když máte štěstí

250 Mbit/s po telefonní lince, když máte štěstí

120na80.cz: Rovnátka, která nejsou vidět

Rovnátka, která nejsou vidět

DigiZone.cz: ČT má dalšího zástupce v EBU

ČT má dalšího zástupce v EBU

Podnikatel.cz: Zavře krám u #EET Malá pokladna a Teeta?

Zavře krám u #EET Malá pokladna a Teeta?

Vitalia.cz: Dáte si jahody s plísní?

Dáte si jahody s plísní?

Root.cz: Telegram spustil anonymní blog Telegraph

Telegram spustil anonymní blog Telegraph

Měšec.cz: Finančním poradcům hrozí vracení provizí

Finančním poradcům hrozí vracení provizí

Měšec.cz: U levneELEKTRO.cz už reklamaci nevyřídíte

U levneELEKTRO.cz už reklamaci nevyřídíte

Měšec.cz: Golfové pojištění: kde si jej můžete sjednat?

Golfové pojištění: kde si jej můžete sjednat?

DigiZone.cz: HD programy ČT i v UPC Horizon

HD programy ČT i v UPC Horizon

Podnikatel.cz: Na 3. prosince se chystá protest proti EET

Na 3. prosince se chystá protest proti EET

Vitalia.cz: Jmenuje se Janina a žije bez cukru

Jmenuje se Janina a žije bez cukru