To v tom citátu v článku (nepodařilo se mi dohledat úplné znění předpisu) právě nevidím:
Neprokáže-li se opak, dokument v digitální podobě se považuje za pravý, byl-li podepsán platným uznávaným elektronickým podpisem ... a opatřen kvalifikovaným časovým razítkem.
Podle mě to znamená: Chceš-li uplatnit fikci pravosti, musíš nejdřív ověřit el. podpis a časové razítko.
Takže k žádnému obrácení pořadí nedochází - prostě ověřím podpis a razítko, a přesně jak píšete, ověřím tím i integritu dat. Dokument bez platného razítka není pravý "sám od sebe", protože se na něj fikce pravosti prostě nevztahuje.
(Samozřejmě pomíjím to, že by mohl být certifikát slabý, prolomený, mohlo dojít k prozrazení soukromého klíče a podobně. Ostatně proto je v zákoně formulka "Neprokáže-li se jinak...")