" ... Už se ale zapomnělo na související požadavek ohledně jména a hesla – a ten zůstal."
Domnívám se, že hlavní důvod je jiný - tatáž fyzická osoba (potažmo s tímtéž certifikátem) se může přihlašovat do N schránek (např. coby jednatel N firem). Protože nikde při přihlášení nezadáváte, ke které schránce se chcete připojit, musí to být odvozeno jedině od uživatelského jména (tzn. takovýto šťastlivec bude mít N uživatelských jmen, ke každé schránce jiné).