Jsou tu dvě věci... Zaprvé žádný Kindle nepřečte PDF s ochranou proti kopírování Adobe Digital editions, to se týká chráněných knih.
U klasického PDF pak jde právě o to, že máte Kindle DX, tedy velký - na něm to relativně jde, většina lidí má ale Kindle 2 či 3 v té menší verzi a na něm opravdu dělá čtení velkého procenta PDF docela problém a opravdu není příjemné.
K té češtině u PDB a PRC - jde o správné nastavení Calibre, ve většině případů stačí v nastavení konverze dát do source code "windows-1250" a po konverzi je pak vše OK, to přidání VerdanaCZ je úplně zbytečné - tím se právě řešila ta starší varianta kódování, ale praktičtější je si soubor zkrátka zkonvertovat.