O kvalitě systému neříká top500 vůbec nic. Počítače (a clustery) v top500 jsou vesměs jednoúčelové, trošku složitější kalkulačky. Operační systém je jen nejjednodušší mezivrstvou mezi hardwarem a výpočetním software psaným na míru dané konfiguraci.
Linux je prostě levná a otevřená platforma, která se snadno upraví podle potřeby.
Na poli desktopů není Linux ani kompatibilní, ani intuitivní, ani kvalitní, ani jednoduchý. Bohužel.
Linux na desktopech je příšerně roztříštěný v mnoha distribucích s mnoha různými verzemi, které se mění každých pár měsíců (průměrná životnost major verze je 12 měsíců a podpora dalších 12), má dva hlavní GUI (plus ještě pár minoritních)... To způsobuje, že se do podpory Linuxu vůbec neženou velké firmy s programy, na které jsou uživatelé zvyklí. Portování na Linux je u složitých aplikací časově zbytečně náročné a nevyplatí se. :(