Přihlašování pomocí datové schránky berte jako nesystémovou zastaralou věc, která bude postupem času zrušena. Nedá se tedy porovnávat s přihlašováním přes NIA. Přihlašování přes datové schránky si musel každý cílový systém naimplementovat sám a rozhodnout se, jak moc tomu bude věřit. Naproti tomu přihlašování přes NIA je dnes preferovaný způsob, jednou implementovnaé přihlašování přes NIA do cílového systému by automaticky mělo podporovat všechny způsoby přihlášení k NIA (i ty budoucí), a cílový systém si řekne, jakou úroveň zabezpečení vyžaduje, ale už neřeší, jak konkrétně je to implementováno.