Systém s certifikační autoritou je o něco bezpečnější.
V zásadě by bylo možné systém provozovat nikoli na certifikátech, ale na klíčových párech, jak píšete.
V centrále systému by byla databáze veřejných klíčů a při autentizaci by se klíč vyhledal a pomocí něj by se validoval podpis autentizační challenge, vytvořený soukromým klíčem.
Ale klíčové páry nenesou žádný "průkaz původu". Teoreticky by bylo možné klíčový pár podvrhnout (do DB podvrhnout veřejný klíč) a pokusit se použít povržený soukromý klíč pro autentizaci. Pokud má veřejný klíč k sobě certifikát, má tím "razítko", že daný klíčový pár prošel důvěryhodným procesem přípravy (za který ručí stát) a že tedy daný klíč nebyl podvržen.