Základní registry se staly vděčným terčem kritiky. Jejich kritici poukazují na nedostačující zabezpečení a snadnou zneužitelnost vinou široké dostupnosti pro tisíce úředníků a vysoké míry korupce v České republice. Jedním z nabízejících se řešení otupujících kritiku by bylo zasílat občanům upozornění na veškeré přístupy k jejich datům. Takovou úroveň preventivní ochrany proti zneužití ale ministerstvo vnitra odmítá a to i v rámci systému datových schránek, což je jediný nástroj elektronické komunikace, přes který lze výpis získat.
„O notifikaci každého využití údajů jsme neuvažovali především vzhledem k očekávané vysoké frekvenci takového využití, místo toho jsme zvolili možnost poskytování údajů o využití na žádost subjektu údajů,“ uvedlo ministerstva vnitra pro Lupu. Občan si tedy může pouze požádat o vyhotovení výpisu všech přístupů ke svým záznamům a to přes datovou schránku nebo přes CzechPoint, kde jej tento výpis příjde na 100 Kč za první stranu a 50 Kč za každou další stranu.
Ministerstvo rozporuje přirovnání k notifikačním službám bank: „Ani bankovní systémy obvykle nenotifikují o každém využití údajů (např. o využití údajů na spořícím účtu pro tvorbu výpisu z účtu), ale pouze o změnách, a to od definované hranice či typu změny“. Lze však namítnout, že zatímco občan bankovní služby využívá dobrovolně a může si vybírat z více poskytovatelů služby (bank), základní registry se ho týkají ať se mu to líbí nebo ne.
Jednou ročně však občan může dostat zdarma výpis přístupů do své datové schránky. „Všechny žádosti o vydání údajů, stejně jeko odpovědi a výpisy, jsou logovány jak na straně datových schránek tak i na straně základních registrů a kdykoliv zpětně je možno ověřit validitu údajů k danému času (v základních registech) i neporušenost výpisu (v datové chránce).“ uvádí ministerstvo s tím, že žádný jiný elektronický komunikační kanál toto neumožňuje a proto není žádná elektronická alternativa nabízena.